Den alvorligste komplikation til atrieflimren er en blodprop. Og – desværre oftest – en blodprop i hjernen. Omtrent 25% af alle hjerneslag på grund af blodpropper skyldes atrieflimren. Grunden til at atrieflimren øger risiko for blodprop er, at hjertets forkamre under flimren ikke tømmer sig ordentligt. Det betyder, at der kan stå blod tilbage, der ikke sendes videre i kredsløbet.